故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
《EVA 新世纪福音战士新剧场版3.33：YOU CAN (NOT) REDO》。在第二部《破》的尾段，明日香不幸被第三使徒精神污染及侵食，生死未卜，但在最后的预告中却出现了戴着眼罩的明日香。而这样的独眼明日香就是驾着『改二号机』，在本作最先出场。时间已是《破》完结的14年之后，明日香28岁，而美里已经40多岁了！第三新东京市已消失……葛城美里带领着原属NERV的一些人员，脱离了NERV，成立了新的组织WILLE与NERV对抗，目标是要歼灭所有隶属NERV的EVA。铃原东治的妹妹也在美里这个组织工作。在本
