大雄与同学们为了暑假作业到图书馆去找有关海的资料，无意中看见《宝岛》这本书籍后感到对寻宝一事的憧憬，于是由哆啦A梦的道具“寻宝地图”中无意刺探到金银岛，于是与哆啦A梦就怂恿胖虎、小夫与静香一起加入这个冒险，向金银岛出发。到达岛上后为了增加气氛，于是由哆啦A梦拿出“传说复原机”来增添冒险气氛。但不知道为何忽然引起时空的异变，时空错乱将他们转移到17世纪的加勒比海上，并且卷入海盗之间的斗争，不但大雄与大家失散了，哆啦A梦还甚至遗失了四次元口袋。而大雄在混乱之中被粉红色海豚“露菲”给救到岛上，并且结识了单独在岛上生活的少年“杰克”。另一方面，哆啦A梦们被当代横跨七个海域的海盗“吉特船长”与其朋友“科尔特船长”的女儿“贝蒂”解救，并且还得到他们的帮助一同前往传说中的宝岛去救大雄。后来还发现原来金银岛是未来世界“科隆博士”与“卡修”等人的秘密基地，在金银岛上将生物改造成凶暴特性来贩卖的恶人集团。哆啦A梦们是否能顺利的与大雄会合？他们是否能够阻止卡修这个犯罪集团的计划呢？
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