大雍皇后崔清漪遭表妹陷害，被下药丢入破庙失身于摄政王萧彻。她与皇上萧昊成婚三年，一直受蒙蔽，以为萧昊深爱自己，却不知萧昊为皇权冒认萧彻的救命恩人身份，囚禁崔清漪的父亲和弟弟们，并一直和太妃柳如梦秽乱后宫，让柳如梦冒领崔清漪瘟疫药方之功。萧彻知晓一切后，果断决定引导和逼迫崔清漪以最快身份觉醒，除了步步揭开真想之外，还要让她重新成为自信勇敢的自己，做天下第一女神医。崔清漪忍辱负重，重拾医术，终于研制出根治瘟疫的药方，并在金銮殿上当中揭穿柳如梦盗取药方之罪，但因父亲和弟弟的性命，崔清漪被迫受制于萧昊，导致她与萧彻误会不断，难以直面真心。当萧彻被诬陷通敌叛国，崔清漪带着证据在金銮殿揭露萧昊的阴谋，萧彻也同时撕开柳如梦的假面具，萧昊疯魔自刎，柳如梦被诛，崔清漪的家人也被救出。最终萧彻登基为新帝，为药王谷平反，与崔清漪携手平息瘟疫和战乱，崔清漪实现从笼中雀涅槃为天下第一皇后与神医的双重身份。
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